抗阿米巴病藥主要用于治療由溶組織阿米巴原蟲引起的阿米巴病。阿米巴原蟲在人體腸道中以滋養體和包囊兩種形式存在。感染者的阿米巴包囊具有傳染性，被人吞食后，滋養體破囊而出，在腸腔內生活、溶化組織，并穿入腸黏膜下層進行分裂繁殖，導致腸壁潰瘍，引發急性或慢性阿米巴痢疾。當環境條件不適合時，滋養體會轉化為帶有厚囊壁的包囊，隨糞便排出體外，再感染新的宿主。此外，有些滋養體還可能通過血液循環移至肝、肺和腦等組織內繁殖，導致腸外阿米巴病如肝膿腫、肺膿腫及腦膿腫。

目前，大多數抗阿米巴藥物主要針對滋養體具有殺滅作用，而少數藥物可以殺死包囊。此外，某些抗生素如巴龍霉素和土霉素可以直接殺滅滋養體或抑制共生菌群，從而發揮抗阿米巴病的作用。

滴蟲病主要是指由陰道鞭毛滴蟲引起的陰道炎，這種疾病也可寄生于男性的泌尿生殖道內，并通過性接觸傳播。目前，甲硝唑是治療陰道滴蟲病最有效的藥物；在遇到對甲硝唑產生耐藥性的滴蟲感染時，可選用乙酰胂胺或曲古霉素等替代藥物。